Zu Beginn probierten die San Francisco 49ers so ziemlich jede Helmfarbe aus: Sie begannen im ersten Jahr ihrer Teamgeschichte mit einem weissen Helm, wechselten dann aber im Jahr darauf zu einem goldenen mit einem roten Streifen. Im dritten Jahr war es dann ein silberner Helm mit einem roten Streifen. Zwei Jahre später fiel der rote Streifen weg. 1953 wechselten sie zu einem roten Helm mit einem weissen Streifen. 1956 folgte erneut ein weisser Helm, bevor sie 1958 wieder zu einem in Gold zurückkehrten. 1960 wechselten sie dann zu einem silbrigen Helm mit drei roten Streifen. Mit diesem Helm nahmen die 49ers auch die Saison 1962 in Angriff, während der Saison führten die 49ers aber erstmals ihr neues Logo ein, ein rotes, schwarzgerändertes Oval, belegt mit dem weissen Buchstabenpaar «SF». Gleichzeitig wurde das Streifenmuster modernisiert: Statt drei roter Streifen wurden nun drei Streifen in den Farben rot-weiss-rot geführt. 1964 kehrte das Team – unter Beibehaltung des Logos und der Streifen – zum goldenen Helm zurück, den die 49ers bis und mit der Saison 1990 trugen. Vor der Saison 1991 wurde ein neues Logo vorgestellt, was zu einem Aufschreif der Fans führte. Wenige Tage nach der Vorstellung war der Plan wieder vom Tisch. Stattdessen wurde der alte Helm leicht modifiziert: Das weisse Buchstabenpaar erhielt eine dünne schwarze Aussenlinie. 1996 wurde das Logo erneut überarbeitet: Man wechselte zu einem dunkleren Burgunderrot und die schwarze Umrandung wurde leicht vom roten Oval abgesetzt. Gleichzeitig wechselten sowohl das Gesichtsgitter wie die Streifen die Farben: Das Gitter von grau zu rot, die Streifen zur Kombination schwarz-burgunderrot-schwarz. Nach zwölf Jahren kehrte man wieder zum alten Helm mit grauem Gesichtsgitter und alter Streifenkombination zurück. Einzig das modernere Logo wurde unter Verwendung des ursprünglichen Rots beibehalten.