«Die NFL war immer ein Traum für mich. Ich hätte nie gedacht, dass ich diesen Traum für 15 Jahre würde leben können», erklärte Jon Kitna in einem Statement für die Medien, in dem er seinen Rücktritt aus der NFL bekannt gibt. «In der NFL spielen zu können, war immer ein Privileg und ich bin allen dankbar, welche mir dieses Privileg ermöglicht haben, meinen Coaches, meinen Mitspielern, den Personen im Management und natürlich auch meiner Familie. Ich werde diese Zeit immer in meinem Herzen tragen.»

Dass sich Jon Kitna 15 Saisons in der NFL würde halten können, war beim Beginn seiner Karriere in der Tat nicht offensichtlich: Am College hatte er für die Central Washington University gespielt, einer eher kleineren Universität, dessen Football-Team nur in der dritthöchsten Stärkeklasse spielt, der Division II. Doch nach seinem College-Abschluss 1997 fand Kitna mit den Seattle Seahawks ein Team, welches ihm eine Chance geben wollte: Die Seahawks nahmen den Undrafted Free Agent unter Vertrag und schickten ihn in die NFL Europe zu den Barcelona Dragons. Und dort wusste er zu überzeugen: Er führte die Dragons in der World Bowl V zu ihrem einzigen NFLE-Titel und wurde zum MVP der NFL Europe gewählt.

Zurück in Seattle diente Jon Kitna zuerst zwei Saisons lang als Backup für Warren Moon. 1999 machte ihn dann der damalige Seahawks-Head Coach Mike Holmgren zum Starter und Kitna führte die Seahawks zu neun Siegen bei sieben Niederlagen und einer Playoff-Teilnahme. Es folgte aber eine weniger erfolgreiche Saison und die Seahawks holten danach Matt Hasselbeck aus Green Bay als neuer Starter und liessen Kitna ziehen.

Dieser fand in den Cincinnati Bengals ein neues Team, wo er in den ersten beiden Jahren ebenfalls nicht besonders erfolgreich spielte. Die Bengals verpflichteten darauf im Draft 2003 mit dem Top-Pick Carson Palmer, doch in dessen Rookie-Saison spielte dann Kitna so überzeugend, dass Palmer gar nicht zum Einsatz kam. Kitna führte die Bengals zu acht Siegen und wurde zum Comeback-Player des Jahres gewählt. Im folgenden Jahr entschied sich dann aber Head Coach Marvin Lewis dafür, Palmer seine Chance zu geben und Kitna diente diesem anstandslos für zwei Jahre als Backup.

2006 wechselte Kitna zu den Detroit Lions, wo er zwei Saisons als Starter spielte, 2007 beendete dann eine Verletzung seine Saison vorzeitig und er musste von der Seitenlinie aus mitansehen, wie die Lions alle 16 Spiele der Saison verloren. Im Frühling 2009 tradeten die Lions nach der Verpflichtung von Matthew Stafford mit dem Top-Draft-Pick Kitna zu den Dallas Cowboys, wo er Tony Romo als Backup diente. 2010 lief er nach einem Schlüsselbein-Bruch Romos in neun Partien als Starter auf. In seiner letzten Saison kam er nur zu drei Kurzeinsätzen und musste die Saison Mitte Dezember wegen Rückenprobleme frühzeitig beenden. Mit 29'745 Yards steht Jon Kitna an 37. Stelle der ewigen Bestenliste und hat in 15 NFL-Saisons für 169 Touchdowns und 165 Interceptions gepasst.