Als die NFL-Besitzer Bert Bell 1946 zum Nachfolger von Elmer Layden als NFL-Commissioner wählten, war dem neuen Mann an der NFL-Spitze keine Schonfrist vergönnt: 1946 nahm die All-American Football Conference (AAFC) den Spielbetrieb auf, die erste ernst zu nehmende Konkurrenzliga der NFL seit den 1920er Jahren. Bell brachte die NFL-Besitzer auf eine unnachgiebige Linie gegenüber der neuen Liga: Jedes Gesprächsangebot seitens der neuen Liga wurde abgelehnt. Die AAFC hielt ihren Spielbetrieb immerhin vier Jahre aufrecht, bevor sie sich der NFL beugen musste. Bell zeigte sich grosszügig und liess drei AAFC-Teams – die Baltimore Colts, die Cleveland Browns und die San Francisco 49ers – zur NFL zu. Bert Bell ist aber auch der letzte NFL-Commissioner, in dessen Amtszeit NFL-Teams den Spielbetrieb einstellen mussten: 1950 mussten die (ersten) Baltimore Colts aufgeben, 1951 folgten die Boston Yanks und 1952 die Dallas Texans.

Bert Bell setzte kurz nach seinem Amtsantritt strenge Anti-Wettspiel-Richtlinien durch und erliess die ersten Verhaltensregeln für die Spieler. Verstösse dagegen wurden durch die NFL-Zentrale bestraft. Auch die Home-Game-Blackout-Regel bei Fernsehübertragungen geht auf ihn zurück: Bell erkannte den Wert des aufkommenden Fernsehens für die Popularität des Footballs sehr früh, allerdings fürchtete er um den Ticketabsatz am Stadioneingang. Aus diesem Grund setzte Bell beim ersten von ihm verhandelten Fernsehvertrag durch, dass Heimspiele nicht im lokalen Fernsehnetz übertragen werden durften. Diese Regelung wurde vor Gericht angefochten, doch ein Bundesrichter in Philadelphia schützte die Politik der NFL. Sie hat in modifizierter Form bis heute Bestand.

Gegen den Protest eines Teils der NFL-Besitzer anerkannte Bert Bell 1956 die von Spielern der Green Bay Packers und den Cleveland Browns gegründete Spielergewerkschaft NFL Players Association (NFLPA) und versuchte einen Ausgleich zwischen den Ansprüchen der Besitzer und den Forderungen der Spieler zu finden. Allerdings kam es erst nach Bells Tod zum Abschluss eines ersten Rahmenvertrages.

Vor seiner Berufung zum NFL-Commissioner war Bert Bell mit zwei NFL-Teams eng verbunden: Gemeinsam mit Lud Wray erhielt er 1933 eine Franchise für den Grossraum Philadelphia zugesprochen, von 1936 bis 1940 trainierte er das Team, die Eagles, mit bescheidenem Erfolg auch als Head Coach. 1941 tauschte er mit Steelers-Co-Besitzer Alexis Thompson seine Anteile an den Eagles und stiess so als Co-Besitzer zu seinem Freund Art Rooney, dem Mehrheitsbesitzer der Steelers. Es mutet wie ein Fingerzeig des Schicksals an, dass Bert Bell im Oktober 1959 im Franklin Field in Philadelphia ausgerechnet während einer Partie «seiner» beiden Teams einer Herzattacke erlag. 1963 wurde Bell als Teil der Gründerklasse in die Pro Football Hall of Fame aufgenommen.