Als Charlie Joiner nach der Saison 1986 zurücktrat, war er der letzte Spieler, der noch in der «alten» AFL gespielt hatte, der die Liga verliess. Mit 12'146 Yards und 65 Touchdowns stand er damals an sechster Stelle der ewigen Bestenliste. Und sein Durchschnitt von 16,2 Yards pro Passfang gehört auch heute noch zu den Bestmarken in der NFL.

Dabei hatten die Houston Oilers, die Charlie Joiner in der vierten Runde des Drafts verpflichteten, eigentlich ganz andere Pläne mit ihm: Sie sahen seine Fähigkeiten besser im Defensive Backfield aufgehoben. Während seiner Rookie-Saison spielte Joiner denn auch als Verteidiger und in den Special Teams. Nach einem Jahr gaben Oilers ihre Umschulungs-Pläne aber auf und Joiner spielte den Rest seiner 18jährigen Karriere auf der Wide Receiver-Position.

Während der Saison 1972 tradeten die Houston Oilers Joiner zu den Cincinnati Bengals, vier Jahre später wurde er zu den San Diego Chargers weitergereicht. Zwei Jahre später kam dann Don Coryell als neuer Head Coach nach Südkalifornien und etablierte eine explosive Pass-Offense, welche bald als «Air Coryell» bekannt sein und später von Coryells Assistenten zu Bill Walsh zur West Coast-Offense weiter entwickelt werden sollte.

Charlie Joiner war dank seiner Schnelligkeit, seiner Wendigkeit und seinem grossen Repertoire an Körpertäuschungen der ideale Receiver für Coryells Offense. Gemeinsam mit Quarterback Dan Fouts bildete er über die nächsten Jahre das wohl explosivste Pass-Duo in der NFL. In seinen elf Jahren in San Diego fing Joiner in sieben Saisons mehr als 50 Pässe, in drei von ihnen mehr als 70. Zweimal standen die San Diego Chargers im AFC Championship Game, den Einzug in die Super Bowl blieb Joiner aber beide Male verwehrt. Dreimal wurde er in die Pro Bowl berufen.

Nach einigen Verletzungssorgen zu Beginn seiner Karriere, verpasste Charlie Joiner in den letzten 13 Jahren seiner Karriere nur ein einziges Spiel. Als er nach der Saison 1986 seinen Rücktritt erklärte hielt er mit 239 Spielen den Rekord für Wide Receiver. Joiner, der von Bill Walsh einmal als den intelligentesten Receiver bezeichnet wurde, der jemals in der NFL gespielt habe, gab sein Wissen nach dem Ende seiner Karriere als Wide Receivers-Coach diverser Teams an eine neue Generation von Receivern weiter.