J.J. Stokes war im Draft von 1995 in der ersten Runde von den San Francisco 49ers verpflichtet worden, doch konnte er sich an der Bay nie durchsetzen, konnte sich neben Super-Star Jerry Rice und – etwas später – neben Terrell Owens nicht profilieren. In acht Saisons mit den San Francisco 49ers finge er 327 Pässe für 4'139 Yards und 30 Touchdowns. Seine beste Saison spielte er 1998 mit 63 Pässen für 770 Yards und 8 Touchdowns.
Anfang Juni wurde J.J. Stokes von den San Francisco 49ers entlassen, fand nun aber in den Jacksonville Jaguars schnell einen neuen Arbeitgeber. Diese waren auf der Suche nach einem neuen Nummer 2-Receiver neben Jimmy Smith. Stokes, der einen Einjahres-Vertrag unterschrieben hat, ist nun der Favorit für diese Position, muss sich aber gegen andere Aspiranten wie Donald Hayes, Kevin Lockett oder Jimmy Redmond durchsetzen.